Calibre は 読み込んだファイルを変なファイル名でSave します。

正直この点が、Calibre の最大の欠点ではないかと思います。ここさえクリアできれば、オープンソースの製品として育ててあげようと思うんだけど、眼をつぶるには大きすぎるんだよね。

現象：読み込んだファイル、変換したファイルが変な名前でSave される。

これはCalibre に取り込んだ際にまず、変な名前に勝手に代わり、そのままKindle へ送られます．

ただし、Kindle 上での書籍タイトルなどは問題ありません．（メタデータを読んでいるため）

原因と、現在の対応を説明すると次のような感じになります。

原因：」Option の設定に関わらず、Calibre はマルチバイト等のタイトル書物をSave する際に、もっともメジャーかつもっとも近い言語でSave するよう取扱われるようです．日本語の場合、これが原因で漢字等が中国語読みされその恩のままアルファベット読み（ローマ字とはちょっと違う）に変換されたファイル名になります。

これが諸悪の根源です。

時間があれば回避策があるかどうか調べてみたいと思います．

MOBI フォーマットに変換するには 明示的に行う方法と、Kindle などのデバイスへ送り込むときに Calibre が送り込む先のデバイスに応じて、（必要に応じて）自動的に行わせる方法があります。